Šv. Jono bažnyčios atstatymas pirmiausiai svarbus ir reikšmingas yra Klaipėdos evangelikų liuteronų bendruomenei, iš kurios ir kilo pirmosios iniciatyvos kalbėti bei veikti šiuo klausimu. Kartu mažai beliko abejojančių, kad ilgas, sudėtingas, finansiškai sunkus atstatymo kelias yra vien liuteronų rūpestis, greičiau įsipareigojimas miestui ir institucijų bendrystė, padedant spręsti skirtingas problemas, atstovaujant reikiamas pozicijas, sprendžiant iškilusius atstatymo klausimus.
Klaipėdos miesto savivaldybė prie Šv. Jono bažnyčios atstatymo eigos prisideda dalykiškai atstovaudama sumanymui nacionaliniu lygmeniu, spręsdama lėšų pritraukimo iššūkį, finansiškai prisidėdama prie archeologinių tyrimų ir prisiimdama daugelį klausimų, kuriuos sprendžia ir už juos atsako miesto mero pavaduotojas Arvydas Cesiulis ir šiam reikalui sukurta darbo grupė.
Klaipėdos universitetas atsakingas už mokslinius tyrimus, komunikaciją su visuomene istoriniais ir archeologiniais klausimais. Nuo 2020 metų universiteto mokslininkai ir jų vadovė archeologė dr. Raimonda Nabažaitė vykdo sistemingus archeologinius kasinėjimus, jų duomenimis aktualina, įžodina atstatymo prasmes, kuria jungtis su skirtingomis visuomenės grupėmis, atveria pažinimo prieigas mokykloms ir savanorystei. Klaipėdos universiteto prof. dr. Vasilijus Safronovas rengia istorines studijas, dalyvauja kuriant gyvą, tikslų pasakojimą.
Šiame projekte labai svarbi muziejų bei archyvų sutelktis. Mažosios Lietuvos istorijos muziejaus, Lietuvos centrinio valstybės archyvo, Klaipėdos apskrities Ievos Simonaitytės viešosios bibliotekos, AdM [Die Arbeitsgemeinschaft der Memellandkreise e.v.] archyvo dėka visuomenė gali pamatyti pražuvusius objektus, dokumentus, perskaityti studijas. Muziejai ir archyvai suteikia ypač brangią istorinę ikonografinę medžiagą ir jų sklaidos bei viešinimo teises.