Trumpiausias atsakymas – karas. Visa kita – aplinkybės. Svariausia iš jų – po karo pasikeitusi ideologinė aplinka ir naujųjų miesto savininkų itin neigiamas požiūris į krikščionybę, religiją apskritai ir vokišką kultūrinį paveldą. Šv. Jono bažnyčia būtų pirmoji atstatyta bažnyčia iš Klaipėdoje Antrojo pasaulinio karo metais sugriautų maldos namų.
Pirmiausiai būtų galima matyti, jog Klaipėdos bažnyčių likimą nulėmė karo taktika. Aukščiausi miesto pastatai puolančiai sovietų armijai buvo geriausiai matomi miesto fone ir drauge kėlė pavojų, nes bažnyčių bokštai galėjo tarnauti miesto gynėjams. Tačiau kiek per 1944–1945 metus buvo suniokotos Šv. Jono ir kitos iki šių dienų neišlikusios Klaipėdos bažnyčios, nėra aišku. Žinomas vienas Alberto Juškos knygoje „Mažosios Lietuvos bažnyčia XVI–XX amžiuje“ liudijimas, kur cituojamas Šv. Jono bažnyčios kunigo Otto Obereignerio rankraštis. Jame aprašomos paskutinės 1944 m. spalio 8 d. laikytos šventosios mišios.
Pasibaigus kariniams veiksmams, naujieji miesto šeimininkai – sovietinė valdžia – nebuvo nusiteikusi išsaugoti apgriautus maldos namus. Apleista bažnyčia greičiausiai dar kurį laiką stovėjo apdegusiomis sienomis ir apgadintu stogu. Iki 1947-ųjų griuvėsiais virtęs pastatas buvo galutinai nugriautas, o teritorija išvalyta. Buvusiose parapijai skirtose patalpose buvo įkurtas vaikų darželis. Vėliau veikė Liaudies pasiekimų paroda, Klaipėdos kraštotyros muziejaus Liaudies meno skyrius. 1963 metais bažnyčios sklype pastatyti mediniai barakai, kuriuose veikė universalinė parduotuvė, baldų komisas, o great – viešasis tualetas.
Šv. Jono bažnyčia būtų pirmoji iš sugriautų Antrojo pasaulinio karo metais atstatyta bažnyčia Klaipėdoje.
.jpg)
Bažnyčios griuvėsiai po Antrojo pasaulinio karo. Apie 1945 m. Nežinomo autoriaus nuotrauka. Gauta iš Jono Narmonto. © Mažosios Lietuvos istorijos muziejus, Ikonografijos rinkinys.
.jpg)
Šv. Jono bažnyčios liekanos iš dešinės nuo Parapijos namų {Trümmerreste der St. Johanniskirche, rechts Gemeindehaus]. Apie 1945–1970 m. Nežinomo autoriaus nuotrauka. © Klaipėdos apskrities Ievos Simonaitytės viešoji biblioteka, AdM [Die Arbeitsgemeinschaft der Memellandkreise e.v.] archyvas.
.jpg)
Kažkada čia stovėjo Šv. Jono bažnyčia. Tolumoje Pelenynas. (Hier stand die St. Johanniskirche. Im Hintergrund der Aschhof]. Apie 1950–1960 m. Nežinomo autoriaus nuotrauka. © Klaipėdos apskrities Ievos Simonaitytės viešoji biblioteka, AdM [Die Arbeitsgemeinschaft der Memellandkreise e.v.] archyvas.