Eksterjeras
Šv. Jono bažnyčios atkūrimo projektinį pasiūlymą rengė UAB „Senamiesčio projektai“, jam vadovauti paskirtas architektas Aurimas Širvys. 2018 metais visuomenei buvo pristatyti bažnyčios atstatymo projektiniai pasiūlymai bei žemės sklypo detaliojo plano keitimo koncepcija. Pasak architektų, istorinių duomenų, vaizdinės medžiagos, norint atkurti autentišką Šv. Jono bažnyčią, jos eksterjerą ir interjerą, visiškai pakanka.
Unikaliam Klaipėdos bažnyčios atstatymo projektui pasitelkta archeologų grupė siūlo, atkasus sienų perimetrą, atlikus archeologinius tyrimus ir įvertinus pamatų kokybę, prieš rengiant techninį projektą, parinkti tinkamiausią pamatų sprendimą, numatant galimybę iš dalies eksponuoti išlikusius pamatus. Projektiniuose pasiūlymuose taip pat siūloma pagrindinį bažnyčios tūrį atkurti iš gelžbetonio konstrukcijos, šią konstrukciją apšiltinant ir apmūrijant iš išorinės ir vidinės pusės plytomis, jas nutinkuojant.
Atlikus archeologinius tyrimus ir radus architektūrinių elementų, numatyti galimybę juos eksponuoti greta atkurtųjų elementų eksterjere ir interjere.
Architektai siūlo stogų ir bokšto smailių konstruktyvui naudoti metalo konstrukcijas. Stogo danga pasirinkta pagal autentišką – akmens skalūno plokštelės.
Bokšto viršutinėje dalyje siūloma įrengti iki karo čia buvusią apžvalgos aikštelę, stačiakampio tūrio erdvėse – patalpas, skirtas jaunimui, muziejui, turizmui ar kitoms veikloms.
Interjeras
Bažnyčios interjerą siūloma atkurti tokį, koks matomas istorinėse fotografijose. Naudojant medžio konstrukcijas, tinką, profiliuotas dekoratyvines detales turėtų būti pasiektas norimas rezultatas. Siekiant istorinio tikslumo, turėtų būti atliekami archeologų rastų interjero detalių cheminiai ir polichrominiai tyrimai. Nenustačius buvusių spalvų, siūloma naudoti pilko pustonio sprendimus. Atkuriant interjero detales siūloma naudoti skystą smiltainį ar analogišką medžiagą.
• Užstatymo plotas: 1 350 kv. m.
• Bendras plotas bažnyčios: 1 756,44 kv. m.
• Bendras plotas bokšto: 399,03 kv. m.
• Iš viso bendras plotas: 2 155,47 kv. m.
• Bažnyčios aukštis: 76,00 m (su kryžiumi 82,00 m).
• Bendras tūris: 31 793 kub. m.