Idėja atkurti vieną svarbiausių Klaipėdos senamiesčio dominančių Šv. Jono bažnyčią aplink save pradžioje telkė istorikus, archeologus, liuteronų evangelikų bendruomenės narius ir senojo Klaipėdos miesto atminties entuziastus. Tikinčiųjų širdyse ilgus metus rusenusiai svajonei gyvybės įpūtė Lietuvos nepriklausomybės atkūrimas. Jau prabėgus keliems metams, miestas išvalė ir sutvarkė bažnyčios teritoriją, 1996 metais netvarkingas plotas paverstas skveru, o bažnyčios perimetras buvo pažymėtas gyvatvore.
2001 metais Klaipėdos miesto savivaldybės sprendimu patvirtintas sklypo Turgaus g. 24 detalusis planas, dar po metų evangelikų liuteronų parapijai panaudos teise 100 metų perduotas žemės sklypas, kur stovėjo istorinė Šv. Jono bažnyčia.
Nedrąsi idėja atstatyti per Antrąjį pasaulinį karą sugriautą Šv. Jono bažnyčią ilgainiui nutūpė ant parapijiečių lūpų, ėmė plisti spaudoje, kartu žadindama miesto bendruomenę, kultūros žmones, architektus, urbanistus ir savaip neduodanti ramybės Klaipėdos vadovams, mat galimos atstatymo sąmatos atrodė visiškai nepakeliamos miesto biudžetui.
Pirmoji mintis buvo kukli – atkurti ne istorinę Šv. Jono bažnyčią, o pastatyti naują. Ji buvo projektuojama buvusios bažnyčios pamatų vidinėje pusėje, žymiai mažesniu nei autentiškas – 50 m aukščio – bokštu.
Simboliška, 2012 metais, minint Klaipėdos įkūrimo 760-ąsias metines, paminėta bažnyčios atstatymo darbų pradžia – būsimos bažnyčios vietoje atidengtas kertinis akmuo ir įkasta atminimo kapsulė.
Lygiai po metų, 2013-ųjų vasarą, žaliuojančioje aikštėje buvo pasitiktas Vokietijos prezidentas Joachimas Gauckas. Rudenį Lietuvos evangelikų liuteronų bažnyčia, Klaipėdos miesto evangelikų liuteronų parapija ir Šv. Jono bažnyčios atstatymo iniciatyvinė grupė steigiamajame susirinkime nutarė įsteigti Šv. Jono bažnyčios atstatymo labdaros ir paramos fondą. Jis buvo įregistruotas 2013 m. gruodžio 13 d.
Kaip tik tuo metu mieste prasidėjo gilesnės specialistų ir ekspertų diskusijos, savivaldybės užsakymu UAB „Civitta“ ir MB „Pupa-Strateginė urbanistika“ parengė Šv. Jono bažnyčios su bokštu atkūrimo galimybių studiją, kurioje buvo grįžta prie keturių alternatyvų: autentiškos bažnyčios atstatymo, mažesnės bažnyčios ir mažesnio bokšto pastatymo, autentiško bokšto atstatymo su mažesnio tūrio bažnyčia ir naujos, modernios architektūros bažnyčios pastatymo. 2015 metais Klaipėdos miesto tarybos kolegija pasisakė už autentiškos bažnyčios atkūrimą.
Šv. Jono bažnyčios atkūrimo projektinių pasiūlymų parengimo konkursą laimėjo UAB „Senamiesčio projektai“, projektui vadovauti paskirtas architektas Aurimas Širvys. 2018 metais visuomenei buvo pristatyti autentiškos bažnyčios atstatymo projektiniai pasiūlymai ir žemės sklypo detaliojo plano keitimo koncepcija. Architektas A. Širvys politikus ir visuomenę patikino, jog duomenų atkurti autentišką bažnyčią pakanka, o detales padės atskleisti ir vizualinius sprendimus papildys vykdomi archeologiniai kasinėjimai, taip pat radinių polichrominiai ir cheminiai tyrimai.
Sutelkus miesto vadovų, evangelikų liuteronų bendruomenės, politikų ir ekspertų pajėgas pavyko įrodyti, jog šios bažnyčios atstatymas yra svarbus visai Lietuvai. 2020 metais Lietuvos Respublikos Seimas, 91 parlamentarui balsavus „už“, nusprendė Šv. Jono evangelikų liuteronų bažnyčios atstatymą pripažinti valstybei svarbiu projektu. Vyriausybės nutarime numatyta, jog statybos techninis projektas turi būti parengtas iki 2022 metų pabaigos, o bažnyčios statyba baigta iki 2027 metų gruodžio 31 dienos. Preliminariai darbų vertė numatoma 16,8 mln. eurų.
2021 metų vasarą evangelikų liuteronų bendruomenė su UAB „Senamiesčio projektai“ pasirašė 605 tūkst. eurų vertės projektavimo paslaugų sutartį. Pagal ją pirmiausiai bus projektuojamas atkuriamos bažnyčios bokštas, antruoju etapu – bažnyčia, trečiuoju – jos interjeras. Šiuo metu ieškoma lėšų bokšto projektavimo darbams. Tikimasi, jog prie atstatomos bažnyčios projektavimo prisidės ir Klaipėdos miesto savivaldybė.