Siūloma atstatyti originalaus dydžio bažnyčią, kurios tūris 24350 m3, ir originalaus dydžio bažnyčios bokštą, kurio aukštis 75 m. Pastatas turėtų išlaikyti istorinę bažnyčios formą, iš dalies atkuriant išorės medžiagiškumą, interjero sprendimus ir vidines erdves pritaikant šiuolaikiniams poreikiams.
Kaip teigiama atliktoje galimybių studijoje, autentiškos bažnyčios atstatymas duos didžiausią teigiamą poveikį miesto siluetui bei panoramai. Šv. Jono bažnyčios su bokštu atstatymas grąžins Klaipėdos senamiesčio erdvinius akcentus, kurie ypač gerai identifikuojami iš Smiltynės pusės. Viso bažnyčios atstatymo kaina apie 15 mln. eurų.