Atkuriamos Šv. Jono bažnyčios projektiniuose pasiūlymuose ją norima atkurti autentiško tūrio ir išvaizdos, derinant šiuolaikines statybos medžiagas ir sprendimus. Bažnyčia turėtų būti apmūryta plytomis ir tinkuota. Numatoma pastate integruoti archeologų atrastas autentiškas išorės ir vidaus detales. Bokšto viršuje turėtų atsirasti apžvalgos aikštelė, laikrodis. Viduje planuojama atkurti autentišką interjerą.
Atkuriamos Šv. Jono bažnyčios projektiniuose pasiūlymuose ją norima atkurti autentiško tūrio ir išvaizdos, derinant šiuolaikines statybos medžiagas, sprendimus. Pagrindinį bažnyčios tūrį planuojama atkurti iš gelžbetonio konstrukcijos, šią konstrukciją apšiltinant ir apmūrijant iš išorinės ir vidinės pusės plytomis, jas nutinkuojant. Atlikus archeologinius tyrimus ir radus architektūrinių elementų, numatoma galimybė juos eksponuoti eksterjere ir interjere.
Stogų ir bokšto smailės konstruktyvas siūlomas iš metalo konstrukcijų. Stogo danga – pagal autentišką buvusią – akmens skalūno plokštelės.
Projektiniuose pasiūlymuose nesprendžiamas bokšto vakarinio fasado pagrindinis portalas, kadangi nėra rasta ikonografinės medžiagos, kaip jis atrodė ir ar išvis jis buvo. Dėl to siūloma bokšto konstruktyve numatyti sąramą, kuri leistų ateityje daryti pakeitimus. Bokšto viršutinėje dalyje, kaip ir iki karo buvusioje bažnyčioje, siūloma įrengti apžvalgos aikštelę. Bokšto stačiakampio tūrio erdves siūloma pritaikyti meno kūrinių ekspozicijai, turizmo reikmėms.
Bažnyčios interjerą siūloma atkurti analogišką, koks yra matomas prieškariu darytose istorinėse fotografijose. Siūloma naudoti medžio konstrukcijas, tinką, profiliuotas dekoratyvines detales.