Senosios bažnyčios (1706–1854) architektūra (iki gaisro)
Apie senosios bažnyčios, gyvavusios iki 1854 m. gaisro, architektūrą turima mažai duomenų. Detaliausias žinomas to meto ikonografinis šaltinis – XIX a. vidurio Vokiečių liuteronų bažnyčios piešinys, kurio autorius – Klaipėdos gimnazijos, vėliau vadintos Luizės vardu, piešimo mokytojas Ernstas Gustavas Julius Waldhaueris. Remiantis išlikusiais senosios bažnyčios pastato aprašymais, jis statytas iš smulkintų lauko akmenų ir plytų, statybai naudotos 6–7 ir 9 sieksnių sijos, Gotlando kalkės. Pastato konstrukcijos pagrindą sudarė 24 kolonos, iš kurių dvylika, buvusių viduje, apmūrytos plytomis. Bažnyčia buvo apie 36,1 m ilgio, apie 22,2 m pločio, apie 10,8 m aukščio iki dvišlaičio stogo, kuris viduje dengė virš skliautuotos pagrindinės navos buvusią pastogę ir šonines navas. Šoniniuose (šiauriniame, pietiniame) ir galiniame (rytiniame) fasaduose tarp kolonų buvo padarytos didelės arkinių langų angos. Galiniame fasade, pagrindinės navos apačioje, po tokia lango anga buvo įėjimas į altorinę dalį – presbiteriją.
Senosios bažnyčios bokštas, pastatytas iš masyvių plytų, buvo apie 61,2 m aukščio. Jo apatinė dalis buvo stačiakampė, pereinanti į 48 m aukštyje įrengtą apžvalgos aikštelę su geležiniais turėklais, virš kurios kilo smailė. Pastaroji iš pradžių buvo medinė, viršuje puošta burlaiviu, galimai atlikusiu vėjarodžio funkciją. Dėl prasidėjusio medienos puvimo 1823 m. smailė pakeista į mūrinę, kurią vainikavo į kryžių peraugantis stulpas su ant rutulio tupinčiu ereliu išskleistais sparnais. Bokšte buvo įrengtas laikrodis ir keturi varpai, vienas iš jų – mokyklos, kurio skambėjimo laikas priderintas prie pamokų, vykusių netoliese stovėjusioje aukštesniojoje miestiečių mokykloje. Išlikęs varpas su išraižytais liejimo metais „1620“ rodo, kad tiek varpai, tiek didelė dalis liturginių reikmenų ir meno kūrinių čia buvo perkelti iš ankstesnės bažnyčios, buvusios šalia Dangės upės.
Naujosios Šv. Jono bažnyčios (1857–1947) architektūra (po gaisro)
Išlikusios dešimtys Šv. Jono bažnyčios istorinių brėžinių, nuotraukų ir atvirukų leidžia susidaryti gana detalų vaizdą apie šio pogaisrinio pastato išorės architektūrą. Manoma, kad bažnyčios atstatymo projektas neturėjo vieno konkretaus autoriaus. Ji statyta pritaikant vieną iš Prūsijos karališkojo architekto, statybos patarėjo Augusto Stülerio (1800–1865) parengtų tipinės bažnyčios projektų, vietoje remiantis uosto statybos inspektoriaus Peterio Ludwigo Bleecko (1801–1875) parengtu statybos projektu ir atsižvelgiant į tuometinio Prūsijos karaliaus Friedricho Wilhelmo IV (1795–1861) siūlymus.
Kadangi naujoji bažnyčia pastatyta naudojant senosios šoninių sienų pamatus ir kolonas, ji išlaikė panašų, tik labiau ištęsto stačiakampio planą, buvo orientuota vakarų–rytų (tiksliau, pietvakarių–šiaurės rytų) kryptimi. Vakarinėje pusėje buvo įrengtas bokštas, o rytinėje – svarbiausia sakralioji dalis – presbiterija su altoriumi. Kaip ir ankstesnioji, Šv. Jono bažnyčia buvo trinavė, halinė, bet dar turėjo dvi apsides – penkiasienę altorinę apsidę presbiterijos gale ir penkiasienę šoninę apsidę, prišlietą prie pastato šiaurinės sienos. Pagrindinis įėjimas į bažnyčią buvo bokšte, kitas įėjimas – šoninės apsidės vakarinėje sienoje iš Turgaus gatvės, o atskiras įėjimas, skirtas dvasininkams, buvo įrengtas altorinės apsidės rytinėje sienoje iš dabartinės Pylimo gatvės.
Bokšto viršutinė dalis buvo lengva, tarsi ažūrinė. Bažnyčios bokštas siekė 75 metrų aukštį. Viršutinė jo dalis buvo aštuoniakampė ir stovėjo ant masyvaus keturkampio tūrio. Šių detalių sandūroje, apstatytoje nedideliais frontonėliais, buvo apžvalgos aikštelė. Bokšte buvo įtaisyti varpai, veikė miesto laikrodis.
Stilistiniu požiūriu bažnyčios fasadai nebuvo vientisi, jų architektūroje pynėsi neoromankos ir neogotikos elementai. Klaipėdoje tai buvo aukščiausias visuomeninis pastatas ir svarbiausias miesto vertikalus akcentas.
Plačiau apie Šv. Jono bažnyčios architektūrą žr. SAFRONOVAS, V. Buvusios bažnyčios Klaipėdoje, Turgaus g. 24, istorinis tyrimas. Klaipėda, 2017.