Klaipėdos evangelikų liuteronų bendruomenės veikla staigiai nutrūko 1944 metų rudenį. Apie paskutiniąsias spalio 8 dienos pamaldas pasakoja Šv. Jono bažnyčios kunigas Otto Obereigneris:
„Neužmirštamas mūsų paskutinysis sekmadienis Klaipėdoje – 1944 m. spalio 8 d. Vyrų mieste nedaug bebuvo likę, moterų – vos viena kita, netrūko tik įvairių kariuomenės rūšių dalinių. Kaimiškųjų parapijų kolegos su savo parapijiečiais jau buvo pasitraukę.<…> Paskutiniosios pamaldos Šv. Jono bažnyčioje buvo numatytos su Šventa Vakariene. Buvau įsitikinęs, kad šiandien arba rytoj prie vartų stovįs priešas kils į paskutinįjį miesto šturmą. Kai viskas buvo jau paruošta išvykimui, tie, kurie dar galėjo varpų kvietimą išgirsti ir tarnyba leido, pajuto šauksmą dalyvauti atsisveikinimo pamaldose. Dar niekad su tokiu meldimu, su tokiu širdingu tikėjimu nebuvo giedota „Didžiausiojoj bėdoj šaukiuosi Tavęs, o Viešpatie, išgirsk mano maldą“, kaip tą kartą.<…>
Kad netaptume priešo lėktuvų antskrydžio taikiniu, išplaukti turėjome tik pradėjus temti. Niekas mūsų nedrįso kalbėtis degančio miesto akivaizdoje. Jono bažnyčia degė kaip fakelas, ir jo šviesa mus dar ilgai lydėjo.“
Atsiminimai publikuoti 1967 m.: Albertas Juška, „Mažosios Lietuvos bažnyčia XVI–XX amžiuje“
O[R1] . Obereigneris aiškiai datuoja tik paskutines pamaldas spalio 8 d., o toliau rašo, kad kitą dieną (t. y. spalio 9 d.) jie plaukė garlaiviu mariomis į Labguvą, siekdami pasiekti Karaliaučių, ir tik kažkur mariose, kai jau buvo sutemę, jie matę tą bažnyčią kaip liepsnojantį fakelą. Vadinasi, atstumas galėjo būti tolimas ir žinios todėl nevisai patikimos. Susipažinkime su originaliu tekstu vokiečių kalba:
„Unvergessen bleibt uns der letzte Sonntag in Memel, der 8. Oktober 1944! Nur wenige Männer waren noch in der Stadt und vereinzelt einige Frauen, in der Hauptsache Soldaten verschiedener Truppengattungen. Die Amtsbrüder in den ländlichen Gemeinden und Kirchenkreisen waren mit ihren Gemeinden auf dem Treck. In der Stadt Memel war noch Amtsbruder Konsistorialrat Ribbat und Pfarrer von Bordelius; beide sind vor einigen Jahren schon heimgegangen.
Es sollte der letzte Gottesdienst in der Stadtkirche St. Johannis sein, verbunden mit der Feier des heiligen Abendmahls. Ich war mir bewußt, daß heute oder morgen der vor den Toren stehende Feind den letzten Sturm auf die Stadt beginnen wird. In solcher völlig ausweglosen Situation folgten alle, die noch das Glockengeläut hören durften und vom Dienst abkömmlich waren, der Einladung zum Abschiedsgottesdienst! „Aus tiefer Not schrei ich zu Dir, Herr Gott erhör' mein Rufen!“ Wohl noch nie ist dieses Lied von uns in solcher Andacht und mit so tief gläubigem Herzen gesungen worden wie in jener Stunde! Der Herr hat uns erhört, und gestärkt im Gebet und mit dem heilgen Abendmahl konnten wir getrost der ungewissen Zukunft entgegensehen!
Am anderen Morgen erscheint der mir durch seine Tätigkeit längst bekannte und allgemein geschätzte Marinepfarrer, der in Kiel beheimatet war und heute in der Ostzone tätig ist, mit der Botschaft, daß in der Dange ein Transportdampfer gelandet sei, der für unsere Stadt Käseballen von Königsberg gebracht habe. Sofort machten wir uns auf den Weg, die Amtsbrüder Ribbat und von Bordelius wurden auch benachrichtigt, um eventuell mit diesem Fahrzeug über das Kurische Haff uns in Sicherheit zu bringen. Polizisten und einige Frauen standen schon da und versuchten vergeblich, dem Transportführer die völlig ausweglose Situation der Stadt zu schildern. Da brausten plötzlich feindliche Flugzeuge über uns hinweg, und schon fielen krachend auf unsere Stadt Bomben, und ganz in unserer Nähe wurde die bekannte Schiffswerft von Lindenau getroffen. Der ahnungslose „Schiffsführer von Königsberg“ erkannte plötzlich mit Entsetzen seine Lage und ließ schnell die bereits entladenen Käseballen wieder einladen, und ohne Bedenken durften alle Umstehenden, die keine militärischen Verpflichtungen hatten, seinen Kahn besteigen. Wir waren allerdings kaum mehr als zehn bis zwölf Memeler, darunter einige Frauen, die auf diesem schwimmenden Fahrzeug der brennenden Stadt entgehen durften und zunächst Deckung suchten unterhalb von Sandkrug unter einem der Weidenbüsche. Erst bei Beginn der Dunkelheit sollte die Fahrt fortgesetzt werden, um ja nicht den feindlichen Flugzeugen ein Angriffsziel zu geben. Keiner von uns wagte zu sprechen angesichts der brennenden Stadt. Weithin sichtbar begleitete uns wie eine leuchtende Fackel die brennende Johanniskirche. Zu später Abendstunde fanden wir, Bruder von Bordelius und ich, ein Nachtquartier in der Superintendentur Labiau, um am anderen Morgen dann mit der Bahn von Königsberg, jeder seinen vorgezeichneten Weg, zu gehen!“
(Cit. iš O. Obereigner, Die Kirche des Memellandes nach dem Versailler Diktat, [Bad Schwartau, [1967]], 55–57)
Kiek per paskutinius karo veiksmus buvo apgriauta Šv. Jono bažnyčia, tiksliai nėra žinoma, tačiau po karo į Klaipėdą atvykęs architektas Petras Lapė liudijo, jog Šv. Jono bažnyčios grindyse buvo duobė, sienos suskilusios ir kiek pakrypusios į išorę, o stogo nelikę. Didelė miesto dalis buvo nukentėjusi nuo karo veiksmų. Klaipėdai tapus Sovietų Sąjungos dalimi, mieste dar kelerius metus po karo pastatai buvo plėšiami, niokojami ar lyginami su žeme. Neaiškus daugumos jų interjero detalių, sakralinių indų likimas. Galutinai Šv. Jono bažnyčios teritorija buvo išvalyta iki 1963 metų, tuomet toje vietoje pastatyta parduotuvė, vietinių vadintas „medinis univermagas“, bei viešasis tualetas.